L'uso delle chiavette USB al fine di memorizzare file, come le copie di sicurezza degli archivi, non presenta controindicazioni di alcun tipo. Anzi, è un ottimo sistema per tenere il backup dei propri dati oppure per trasportarli da un computer all'altro. Diversa è invece la questione quando si vuole usare la chiavetta USB per lavorare direttamente con il programma sugli archivi (da non confondersi con le copie di sicurezza) in essa memorizzati: questo tipo di utilizzo è vivamente sconsigliato in quanto può compromettere l'integrità dei dati ma addirittura portare al danneggiamento della chiave USB. Non tutti sanno, infatti, che questi dispositivi di memorizzazione sopportano un numero di cicli di scrittura relativamente contenuto (nell'ordine delle decine di migliaia) e di gran lunga inferiore a quelli dei dischi fissi (praticamente illimitati). Questo significa che ad ogni "scrittura" la chiave si deteriora leggermente, fino a diventare inutilizzabile all'approssimarsi del limite. Quando si copia un intero file in una chiave USB si esegue un solo ciclo di scrittura, mentre se si accede ad un archivio, per la caratteristica tipica degli accessi di tipo database, i cicli di scrittura (che avvengono su piccoli blocchi del file) possono essere anche decine o centinaia al secondo. Ecco spiegato perché accedendo ad un archivio su chiave USB si rischiano perdite di dati dopo poche settimane di utilizzo oltre al fatto di rendere inservibile la chiave stessa.
